Seminar at the University of Tokyo’s Faculty of Agriculture
TSUCHIKANE Yuki
Oct. 28, 2024
A seminar featuring Professor Kentaro Shimizu, PI of KEPLR, was held at the University of Tokyo’s Faculty of Agriculture.
• Date and Time: Friday, October 18, 16:00–17:30
• Location: Lecture Room 7, 1st Floor, Building 1, Faculty of Agriculture
• Speaker: Prof. Kentaro Shimizu
• Title: From Field Environments of Arabidopsis to the 10+ Wheat Genome Project
要旨：シロイヌナズナやイネのゲノム解読から20年近くを経て、ゲノムサイズが15GBにもなる異質六倍体パンコムギのゲノムが解読され、機能解析やオミクス解析が容易になった。コムギ10+ゲノムプロジェクトの第1期では、日本を代表する品種農林61号など世界の近代品種のde novoゲノムアセンブリなどを報告した。第2期では、汎トランスクリプトーム解析(White et al. bioRxiv）やゲノムワイドな選択の解析を行ってきた。そして、農林61号のアセンブリと東アジアのコムギ遺伝資源を活用して、有性生殖や病原抵抗性に関わる量的遺伝子座の解析を進めている。さらに、近隣個体の遺伝子型を考慮したNeighbor GWAS法を野外環境のシロイヌナズナに適用し、遺伝子型の混合によって昆虫食害を減少させる手法を開発した(Sato et al. Nature Communications 2024)。今後の可能性などについても論じたい。
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